申報上海市科技小巨人培育企業(yè)需要準備以下材料：

1.申請書：填寫上海市科技小巨人(培育)企業(yè)申請書，內容應包括企業(yè)基本信息、技術創(chuàng)新能力、市場競爭力、發(fā)展規(guī)劃等方面的情況。

2.有效期內的高新技術企業(yè)資格證書：提供由國家相關部門認定的高新技術企業(yè)證書復印件。

3.近三個會計年度企業(yè)審計報告：包括資產(chǎn)負債表、利潤表、現(xiàn)金流量表等，需由具有資質的會計師事務所出具。

4.財務及相關規(guī)范化管理制度：如財務管理制度、研發(fā)投入核算制度等，以證明企業(yè)具有健全的財務制度和規(guī)范的管理體系。

5.研發(fā)機構建設相關證明材料：如技術中心、實驗室、測試平臺等的建設情況、設備清單、人員配備等證明材料(申報小巨人企業(yè)必須提供)。

6.自有資金證明：如銀行存款證明、資金流水等，以證明企業(yè)有足夠的自有資金用于項目實施。